จากนั้นมีนายบุญปลูก ทัตตานนท์ ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ของโรงเรียน ตั้งแต่  18 พฤษภาคม 2499 – 31 พฤษภาคม 2517 
 
         ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 3 คือ  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่       5 เมษายน 2518 – 30 กันยายน 2532 เมื่อเกษียณอายุราชการแล้วไปดำรงตำแหน่งเป็นผู้ตรวจราชการกรม
 
         ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 4 คือนายปรเมศวร์ กลั่นบุศย์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่      1 ตุลาคม 2532 – 30 กันยายน 2534 จึงเกษียณอายุราชการ 
 
         ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 5 คือ นายดอกรัก กลั่นบุศย์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่       1 ตุลาคม 2534 จนเมื่อวันที่ 30 กันยายน 2538 จึงเกษียณอายุราชการ  หลังจากเกษียณอายุราชการแล้วไปดำรงตำแหน่งเป็นผู้ตรวจราชการกรม 
ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 6 คือนายกำชัย สุขเจริญ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่ 14 เมษายน 2539 – 6 กุมภาพันธ์ 2541 แล้วย้ายไปดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการกองการศึกษาพิเศษ 
 
         ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 7 คือนายยุทธนา พิศุทธิ์ภูมิเลิศ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่ 7 กุมภาพันธ์ 2541 – 30 กันยายน 2542 จึงเกษียณอายุราชการ และเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนคนแรกที่เป็นผู้อำนวยการระดับ 9
 
ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 8 คือนายสมศักดิ์ นาคราช ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่ 19 มกราคม 2543 – 30 กันยายน 2545 จึงเกษียณอายุราชการ
 
         ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 9 คือ นายสมศักดิ์ แสงประเสริฐ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่ 13 ธันวาคม 2545 จนถึง 14 มกราคม 2551 จึงย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์ตาก        
  
         ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 10 คือนายนริศร นุชถาวร ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่ 20 พฤษภาคม 2551 จนถึง 3 มีนาคม 2553 แล้วจึงย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนโสตเทพรัตน์
 
          ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 11 คือนางวริศรา วงศ์มุสิก ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมื่อ4 มีนาคม 2553 และย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 36 จังหวัดภูเก็ต
 
           ต่อมามูลนิธิราชประชานุเคราะห์ในพระราชูปถัมภ์ได้รับเข้าไปอยู่ในความอุปถัมภ์ของมูลนิธิราชประชานุเคราะห์ในพระราชูปถัมภ์กระทรวงศึกษาธิการ    เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว    ที่ทรงมีพระชนมายุ ๘๔ พรรษา จึงได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์พนมทวน เป็นโรงเรียนราชประชา   นุเคราะห์ ๔๕ จังหวัดกาญจนบุรี ในวันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ. 2556
จากนั้นเมื่อวันที่ 30 กันยายน 2558 นางวริศรา วงศ์มุสิก จึงย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 36 จังหวัดภูเก็ต
 
            ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 12 คือนายนันทวัฒน์ กาฬจันทร์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตั้งแต่ 1 ธันวาคม 2559  จนถึง 18 กันยายน 2563 และได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 54 จังหวัดอำนาจเจริญ เมื่อ 1 ตุลาคม 2563
ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่ 13 นายเกริกเกียรติ อินเกตุ ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 2 ตุลาคม 2563 จนถึงปัจจุบัน
โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 45 จังหวัดกาญจนบุรี สังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ ซึ่งมีสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรี เขต 2 และสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษากาญจนบุรี  ให้การดูแลในเรื่องของงานวิชาการ
 
           นอกจากนี้โรงเรียนได้มีโอกาสรับเสด็จสมเด็จกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี  เสด็จเยี่ยมชมกิจกรรมของโรงเรียน ครั้งที่ ๑  ในวันที่ ๑๒ มีนาคม  ๒๕๓๔  ปลูกต้นสารภี ๒ ต้น และทางโรงเรียนได้มีโอกาสรับเสด็จสมเด็จกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีเป็นครั้งที่ ๒  ในวันที่ ๑๘ สิงหาคม ๒๕๓๘
 
            โรงเรียนได้มีโอกาสรับเสด็จสมเด็จกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ครั้งที่ ๓  ในวันที่ ๑๓ ธันวาคม ๒๕๔๗ 
 
            โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 45  จังหวัดกาญจนบุรี จึงเป็นต้นแบบของโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์ทั่วประเทศที่ต้องมาศึกษาดูงาน แล้วนำรูปแบบการจัดการทั้งระบบการดูแลช่วยเหลือนักเรียนไปใช้เป็นแนวทางในการบริหารจัดการ ส่วนวัฒนธรรมต่าง ๆ ที่สืบทอดมาให้เห็นคือการบ่มเพาะสั่งสอนอบรมให้นักเรียนรู้จักการประหยัดกิน ประหยัดใช้ สามารถดำรงชีวิตอยู่ได้อย่างมีความสุข มีทักษะทางวิชาการ มีทักษะอาชีพ       มีลักษณะความเป็นผู้นำ ตามวิสัยทัศน์ของสถานศึกษา คือ เสริมสร้างทักษะการดำรงชีวิต มีความรู้คู่คุณธรรม น้อมนำหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง สืบสานศิลปวัฒนธรรม ก้าวทันเทคโนโลยีสู่สถานศึกษาดีมีคุณภาพตามมาตรฐานการศึกษา ทำให้เกิดผลการดำเนินงานต่าง ๆ ของโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ ๔๕ จังหวัดกาญจนบุรี เป็นที่ประจักษ์แก่สายตาของประชาชนทั่วไป  โรงเรียนได้รับคำชื่นชมจากหน่วยงานภายนอกมากมายทั้งในเรื่องของทักษะงานอาชีพ ทักษะการดำรงชีวิต และทักษะทางวิชาการเรื่อยมา